Im Mai 1942 gingen insgesamt noch 78 Schülerinnen und Schüler auf die Israelitische Töchterschule in der Carolinenstraße 35, bevor die Schule auf Anordnung des „Reichsstatthalters“ in Hamburg geschlossen werden musste und in den Bestand der Hamburger Schulverwaltung am 6. Juni 1942 überging.

Die Schulleiterin der Schule Schanzenstraße/Altonaer Straße, Emma Lange, hatte sich in einem Schreiben vom 2. April 1942 vehement gegen die Aufnahme der noch auf die Israelitische Töchterschule gehende jüdischen Mädchen und Jungen gewandt. Sie lies als Lehrerin jeden Ansatz von Menschlichkeit erkennen, sich der Schülerinnen und Schüler anzunehmen.

Das dies auch in dieser dunklen Zeit möglich war, demonstrierte die Familie Mettke im Heußweg 17. Rosa und Wolfgang Emanuel waren Waisen und lebten im Waisenheim im Papendamm 3. Beide gingen bis 15. Mai 1942 in die Israelitische Töchterschule. Die „arische“ Familie Mettke nahmen sie auf Bitten ihrer Tante, Bertha Kahl, geboren Emanuel, bei sich auf. Die Mettkes wollten die Kinder adoptieren, was aber durch den Deportationsbefehl verhindert wurde.

Seit Oktober 1941 erfolgten die Massendeportationen der jüdischen Menschen in die Vernichtungslager. Am 25. Oktober 1941 wurden in Hamburg über 1.000 nach Litzmannstadt deportiert. Es erfolgten insgesamt 20 solcher Deportationen aus Hamburg. Am 15. und 19. Juli 1942 erfolgte über die Schule Schanzenstraße die letzte große Deportation in Hamburg. Die letzte erfolgte am 23. Februar 1945 von Hamburg nach Theresienstadt.